Да, способ сделать это - удалить элементы в sub web.config, которые конфликтуют с настройками в корневом web.config.
Если они вам нужны для других целей, вам нужно прочитать любые настройки, которые вам нужны / нужны, и применить их программно.
От MSDN :
Корнем иерархии конфигурации ASP.NET является файл, называемый корневым файлом Web.config, и он расположенв том же каталоге, что и файл Machine.config.Корневой файл Web.config наследует все параметры в файле Machine.config.Корневой файл Web.config содержит параметры, которые применяются ко всем приложениям ASP.NET, которые запускают определенную версию .NET Framework. Поскольку каждое приложение ASP.NET наследует параметры конфигурации по умолчанию из корневого файла Web.config, файлы Web.config необходимо создавать только для параметров, которые переопределяют параметры по умолчанию .