Использование их API на любом языке кажется логичным решением. Вы не предоставили никаких сведений о том, на каком языке вы бы предпочли писать код, поэтому трудно предоставить какие-либо полезные ссылки.
Если вы можете использовать Perl, JIRA :: Client выглядит полезным и может сэкономить вам много времени.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Поскольку вы пояснили, что будете использовать Python или C #, следующий вопрос содержит некоторую информацию об использовании API-интерфейса JIRA из Python, который, я думаю, будет вам полезен: jira SOAP и XMLRPC
Также может быть полезен этот CLI JIRA в Python: https://plugins.atlassian.com/plugin/details/10751