Базовый SDK - это версия iOS SDK API, с которой скомпилировано ваше приложение. Это означает, что ваше приложение создается с библиотеками для этой версии iOS. Как упоминала Black Frog, вы должны использовать последний SDK, чтобы одобрить ваше приложение в App Store.
Цель развертывания - это минимальная версия iOS, на которой ваше приложение будет работать. (App Store не позволяет старым версиям iOS устанавливать приложения с целью развертывания, которая новее этой версии.)
Если вы хотите, чтобы ваше приложение использовало, скажем, Game Center (для которого требуется iOS 4.1) и работало на iOS 3.1.3 или более поздней версии, тогда вы должны использовать Base SDK версии 4.1 или более поздней версии и Цель развертывания из 3.1.3.
Чтобы иметь дело с несуществующими классами и методами, вы должны проверить, существуют ли они, прежде чем их использовать. Вот отличный пост в блоге об управлении различными версиями iOS и различными версиями SDK.
Все проекты Xcode начиная с версии 3.2 имеют одинаковый внутренний формат. Таким образом, вы должны иметь возможность открыть проект Xcode в более старом Xcode. В Xcode 3 вы можете увидеть версию формата проекта в «Get Info» вашего проекта. (Я еще не нашел это в Xcode 4.)