Вы можете использовать EF Code First для доступа к SQL Server Compact базе данных, которая является очень маленькой версией Microsoft SQL Server.Преимущество в том, что установка не требуется, базы данных могут создаваться и управляться исключительно с помощью .NET API.
Эта версия имеет некоторые ограничения, такие как разрешение подключений только из одного процесса - как бы оно ни было в целомзвучит, вероятно, очень хороший кандидат для вашего сценария.