Я использую IntelliJ 11 CE (что, кстати, просто фантастика), но у меня проблемы с экспортом подписанного APK. Мой файл proguard.cfg прекрасно работает, когда я экспортирую тот же самый проект с использованием Eclipse. Я считаю, что проблема заключается в том, как банки добавляют путь. Когда вы используете муравей для сборки, он требует, чтобы банки были в "libs". IntelliJ, когда вы добавляете зависимости, добавляет их в папку "lib". Так что сейчас структура моего проекта выглядит так, как на прилагаемой картинке. 
Как видите, изначально это был проект Eclipse, поэтому у меня были / libs, и в IntelliJ я оставил их там, но удалил их из пути сборки. Итак, проблема в том, что когда я пытаюсь использовать инструменты для экспорта подписанного APK, я получаю ошибки proguard, говорящие, что у меня есть повторяющиеся определения классов. Все настройки в моем proguard.cfg отлично работают в Eclipse.
Кто-то, пожалуйста, помогите мне полностью освободиться от Затмения !!
РЕДАКТИРОВАТЬ -
Я настроил IDEA для использования папки / libs, но все еще возникают проблемы с Proguard. Вот мои ошибки:
А вот моя вкладка зависимостей с целой папкой libs, в которой закреплена зависимость. 