Я посмотрел на плагин, который вы сказали, что вы использовали, и теперь я вижу, в чем проблема ... он глючит.
Входные данные, которые он генерирует, не подходят для публикации на сервере, потому чтоу всех одинаковое имя.В PHP нет способа различать входные данные с одинаковыми именами (если они не включают в себя обозначения в скобках - [] - тогда они обрабатываются как массивы)
Я смоделировал здесь небольшую демонстрацию:
http://jsbin.com/upuhe/edit
Используйте что-то вроде firebug для проверки флажков, и вы увидите, что все они имеют одинаковые имена.
Если бы я использовал вас, я бы использовал JQuery для переименования чекбоксов, которые ваш плагинсоздает так:
см .: http://jsbin.com/upuhe/2/edit
$("select").multiselect()
.each(function(){
var selectEl = $(this);
var selectElName = selectEl.attr("name")
selectEl.multiselect("widget")
.find("input[type=checkbox]")
.attr({ name: selectElName });
})
Предполагается, что вы установили что-то похожее на <select name='select[]' multiple='multiple'>