Вы создаете строку с замененным значением, но никогда не записываете это значение обратно в файл.Поэтому файл остается неизменным.
Чтобы исправить, добавьте следующую строку, чтобы записать измененное значение обратно в файл:
string path = @"C:\Users\toshal\Documents\TCS\stop_words.txt";
string strFileContent = File.ReadAllText(path);
Console.WriteLine("strfilecontent" + strFileContent);
strFileContent = strFileContent.Replace("actually" , " ");
File.WriteAllText(path, strFileContent);