Вы должны сначала получить правильный HTML.
У вас есть два разных действия, поэтому у вас должно быть две формы - хорошее практическое правило заключается в том, что каждая форма должна иметь только одну кнопку отправки. Это лучший метод для HTML, который гарантирует, что страница работает без JS и других хитростей.
Как только у вас будет такая страница, используйте JS, чтобы манипулировать DOM для создания нужного вам интерфейса. Это использует JS, чтобы добавить behvour к пользовательскому интерфейсу, и это лучшая практика для ненавязчивого JS.
(Если вы действительно хотите объединить свои действия в одной форме, изменение действия формы с помощью JS - лучший способ действий. Но подумайте, что произойдет, если пользователь установит флажок, а затем передумает загружает файл, оставив флажок установленным. Следует позаботиться о том, чтобы это ничего не удаляло.)