Попробуйте следующее (отправка nil в качестве параметра toView означает, что вы хотите преобразовать прямоугольник в координаты окна):
CGRect r = [cell convertRect:cell.frame toView:nil];
И помните, что если конкретная строка в данный момент не видна, то, возможно, не будет UITableViewCellдля этого - поэтому перед использованием этого кода вам может понадобиться проверить, является ли ячейка действительной (например, не nil)