Другой способ справиться с этим - начать с нового запроса из Management Studio (не выбирая «Новый запрос» в решении).
Сохраните файл запроса в папке решения с хорошим именем.
Затем «Добавить существующий элемент» в решение.
Добавляется с выбранным вами именем, отсортировано правильно, вместо того, чтобы изначально создавать файл как «SQLQuery1».
Может быть, не намного лучше, но еще один вариант для редактирования файла проекта и повторного открытия.