Это сработало для меня в IntelliJ 14.0.3 Community Edition в Ubuntu:
File | Settings | Appearance & Behavior | Appearance
И затем отметьте:
[ ] Override default fonts by (not recommended)
Name: Ubuntu Size: 14
Там вы можете выбрать шрифт и размер всего: меню, панель проекта, редактор и т. Д.
Для меня в Linux хорошо установить 15 (по умолчанию 14), а затем настроить только шрифт редактора в:
Editor | General
Mouse
[ ] Change font size (Zoom) with Ctrl+Mouse Wheel