Я думаю, что наличие репозитория на проект - лучший вариант.Я понимаю проблему, касающуюся вики и проблем, - ничто не мешает их отключить, кроме как в главном хранилище (которым может быть веб-сайт или что-то еще), а также для того, чтобы сообщить пользователям в файле readme, куда обращаться за информацией и сообщать об ошибках.
Но я думаю, что вы захотите иметь трекер проблем для каждого проекта: у них, вероятно, будут разные жизненные циклы, одни и те же люди не будут вовлечены, и т. Д. Для больших проектов довольно распространено разделить себя наменьшие, проще в обслуживании.
Я не могу придумать причину, достаточную для того, чтобы иметь только один репозиторий, когда ваш проект уже состоит из нескольких и очевидных подпроектов.