Я не использовал GENTRAN: Server уже несколько лет, поэтому прошу прощения за любую нечеткость с моей стороны.
Я думаю, что есть исполняемый файл unattend.exe, который вы можете использовать для запуска файлов сеансов. Я считаю, что вы можете вызвать его из командного файла, как это:
c: \ путь \ unattend.exe c: \ путь файла сеанса \ имя сеанса .ses
В более поздних версиях может быть что-то лучше, но стоит попробовать.