В чем разница между использованием нескольких @Id в сущности Vs, Composite Id?
Кроме того, как работает этот @EmbeddedId, если на самом деле нет таблицы, созданной отдельно для встроенного объекта?
Hibernate предлагает различные варианты определения / использования составных идентификаторов. Все эти опции подробно описаны в справочном руководстве по гибернации: http://docs.jboss.org/hibernate/core/3.6/reference/en-US/html_single/#d0e4819.