Основным недостатком является смещение запроса. Феномен в том, что такие базы данных имеют тенденцию разрабатываться с учетом одного конкретного вида запросов, и оказывается, что с ними трудно справиться, когда нужно написать другие запросы.
Предположим, у вас есть Студенты и Курсы, и вы смоделируете все это так, чтобы вы могли сказать в одной строке в одной таблице: «Джон Доу берет {французский, алгебра, теория отношений}» и «Джейн Доу { Немецкий язык, функциональные вычисления, теория отношений} ".
Это позволяет легко задавать вопросы «за какими курсами следуют ...», но попытайтесь представить, что потребуется, чтобы получить ответ на вопрос «что представляют собой все студенты, которые следуют реляционной теории».
Постарайтесь представить, что должна делать сама система, чтобы дать такой запрос (если это было возможно написать) хоть какой-то шанс выполнить разумно ...