(Не кодировал php годами, так что это может быть устаревшим)
Насколько я помню, вам просто нужно было указать на другой каталог, в котором находятся ваши библиотеки (включая PATH), используя что-то вроде:
include_path = .:/usr/local/lib/php:./include (this goes in php.ini, default libararies)
и в ваших php-файлах:
ini_set("include_path", ".:../:./include:../include");
У PHP никогда не было надежной системы упаковки и хранилища библиотек, как у perl / python / ruby, PEAR пытался двигаться в этомнаправление, но оно очень закрыто по сравнению и было трудно настроить в многопроектных средах.
Phark пытается создать порт brew / bundler для php, https://github.com/lox/phark,, хотя он не готов к развертыванию.