Файл в формате utf-8 (юникод)? По какой-то причине Блокнот всегда добавляет метку порядка байтов к файлам Юникода, даже если порядок байтов не имеет значения. Когда интерпретируется как ASCII или ANSI, спецификация будет рассматриваться как несколько символов. Возможно, именно это и является причиной вашей проблемы.
Если это так, решение состоит в том, чтобы использовать более компетентный текстовый редактор, чем Блокнот, или написать код, который сначала проверяет спецификацию во всех файлах Юникода.
Если для вас ничего из этого не имеет смысла, попробуйте поискать «юникод» и «метку порядка байтов».