Если вам все еще нужны кавычки вокруг пути команды (скажем, если у вас есть пробелы), просто сделайте это так:
ls | % { &"C:\Working\tools\custom-tool.exe" $_.FullName }
Обратите внимание на использование & перед строкой, чтобы заставить PowerShell интерпретировать ее как команду, а не строку.