Вы можете добавить нужный сервер в NetBeans.Просто нажмите меню Сервис -> Серверы и нажмите кнопку Добавить сервер.Затем выберите папку, в которой находится ваш сервер (корневая папка сервера).Таким образом, он будет использовать конфигурацию этого сервера.Еще одна возможность настроить серверы в NetBeans: в диалоге серверов выберите вкладку «Автозагрузка» и укажите там скрипт catalina