Ваша служба размещена в приложении или в корневом узле сайта?Если нет в приложении, создайте его, переместите службу и используйте эти команды в командной строке (режим администратора)
appcmd set site "servicesite" -+bindings.[protocol='net.msmq',bindingInformation='localhost']
appcmd set app "servicesite/svcapp" /enabledProtocols:net.msmq
, где servicesite и svcapp - это имена вашего узла сайта IIS и узла приложения соответственно.
Получите доступ к своему сервису через веб-браузер и посмотрите, что вы получите.