Если вы хотите создать git-репозиторий для определенного каталога, вы должны перейти в каталог, для которого вы хотите создать новое git-репо, и сделать это:
git init
git add --all
git commit
Это создаст git-репозиторий длякаталог, в котором вы находитесь, добавьте все в этом каталоге (рекурсивно) в начальный коммит, а затем передайте его.
Отличная ссылка для начала работы с git - this.