Являются ли потоки или программы A и B?
Если они являются отдельными программами, вероятно, лучше иметь только одну открытую для записи файл, даже если вам удастся синхронизировать доступ между двумя имеющимися у вас приложениямибыть очень осторожным при очистке буферов, чтобы убедиться, что они действительно находятся в ожидаемом вами состоянии.