Конечно, есть разница между режимом отладки и выпуска.В режиме отладки компилятор избегает агрессивных оптимизаций, потому что они, как правило, усложняют отладку.В режиме релиза этого не будет.Так что, если ваш .exe собран в режиме релиза, а ваша DLL в режиме отладки, это может привести к описанному вами эффекту.(Является ли это причиной разницы, здесь недостаточно информации, чтобы сказать. Можете ли вы убедиться, что оба построены одинаково, и сообщить, исчезла ли разница в скорости?)