Лично я думаю, что вообще плохая идея менять пространство имен при создании версии схемы, если только изменения не радикальны - но мнения по этому поводу расходятся, и вы, кажется, приняли свое решение, и вы также можете воспользоваться преимуществами.
Поскольку вы используете два разных пространства имен, схемы, по-видимому, не пересекаются, поэтому вы должны быть в состоянии дать процессору схему, которая объединяет два - я не знаю, есть ли лучший способ, но один из способов достижения этого - написать небольшую схему-заглушку, которая импортирует оба, и предоставить эту заглушку в качестве свойства schemaSource.Процессор будет использовать любые объявления схемы, совпадающие с пространством имен элементов в исходном документе.
(Использование пространств имен для конкретной версии облегчает эту задачу - проверку правильности. Но облегчает последующую обработку XML, например, с использованием XPath, сложнее, потому что сложно написать код, который работает с обоими пространствами имен.)