Я столкнулся с той же проблемой и наконец смог решить ее следующим образом:
Поскольку все работало до того, как я добавил удаленный хост, и все работало в моем маленьком игрушечном проекте, я удалил и повторнодобавил мой удаленный хост, используя gut bash:
git remote remove origin
git remote add origin git @ my_servername: my_repository.git
После этого Egit работал как положено.