Мой ответ для того же исключения, но для клонирования с использованием протокола SSH.
У меня он работал в одной рабочей области, но не в другой.Я также мог клонировать репозиторий из командной строки, чтобы было ясно, что проблема с конфигурацией Eclipse.
Я сравнивал файлы конфигурации в двух рабочих пространствах.Исправлена ошибка в .metadata.plugins \ org.eclipse.core.runtime.settings \ org.eclipse.jsch.core.prefs
Был путь к каталогу SSH: SSH2HOME = C \:\ Users \ username \ ssh
В правильном пути должна быть точка перед ssh: SSH2HOME = C \: \ Users \ username \ .ssh
Не знаю, как это испортилось, но убедитесь, что путь к ssh home указан правильно.