Как ни странно, m2e на самом деле не вызывает Maven для сборки.
Его работа состоит в том, чтобы анализировать файл POM и делегировать работу по выполнению всего, что он там находит, в Eclipse.
Это достигается путем сопоставления подключаемых модулей maven со специальными подключаемыми модулями Eclipse m2e.
Иногда, когда сопоставления не существует, вы получаете предупреждение, и у вас есть выбор: отключить эту часть вашей сборки или запустить плагин maven в обёртке по умолчанию, предоставляемой m2e. В любом случае результат не так хорош, как в случае отображения подключаемого модуля maven-to-eclipse