Прежде всего, я обычно стараюсь уменьшить необходимость полагаться на файловую систему вообще во время тестирования (вводя некоторую абстракцию для файловой системы, чтобы можно было смоделировать доступ к файловой системе).
Если это невозможно, я включаю такие файлы в тестовый проект, в подпапку с именем TestData
или что-то подобное. Затем я установил «Копировать в выходной каталог» на «Всегда копировать», чтобы файл был включен в выходной файл и находился в месте, известном относительно тестовой сборки (независимо от того, выполняется ли сборка внутри Visual Студия или на сервере сборки). Это работает очень хорошо, пока тестируемый код не изменяет файлы, а нужен только для чтения данных.