У меня никогда не было проблем с NAnt, ссылающимся на библиотеки DLL из GAC. Ваша строка должна работать, я бы подумал, что, вероятно, что-то не так с вашим файлом сборки, но я просто догадываюсь.
Вот строки из одного из моих файлов сборки, которые отлично работают:
<references>
<include name="System.dll" />
<include name="System.Data.dll" />
<include name="System.XML.dll" />
</references>
Одна из распространенных ошибок, которые я обычно совершаю, связана с моей ошибкой, и предполагается, что NAnt использует импорт проекта, определенный в файле проекта.
Можете ли вы сказать нам конкретно, какую ошибку вы получаете во время компиляции? или если вы получаете сообщение об ошибке во время выполнения, что это такое?