Это может быть то, что вы ищете?
String cmd = "adb shell ls";
String cmdreturn = "";
Runtime run = Runtime.getRuntime();
Process pr = run.exec(cmd);
pr.waitFor();
BufferedReader buf = new BufferedReader(new InputStreamReader(pr.getInputStream()));
while ((line=buf.readLine())!=null) {
System.out.println(cmdreturn);
}
Что касается предварительных действий в оболочке, я бы рекомендовал написать сценарий оболочки, который вы выполняете. В этом случае вместо
String cmd = "adb shell ls";
Замени это
String cmd = "shellscript.sh";
Ура!