Целью слияния не может быть удаленная таблица, но источником может быть.И вы можете использовать CTE в операторе merge .
Вы можете сделать что-то вроде этого:
with S as
(
select ID,
Name
from ServerName.DBName.dbo.TableName
)
merge LocalTable as T
using S
on T.ID = S.ID
when not matched then
insert (ID, Name) values(S.UnitID, S.Name);