Вау, это странно!
У меня нет точного ответа, но вот пара мыслей.
По крайней мере для меня отключение jQuery решило проблему. В HTML Shiv было много js-ошибок, отображаемых в консоли, хотя ни одна из них не была очевидна при загрузке страницы.
Моя лучшая ставка в том, что jQuery выбирает это изображение (что приводит к исчезновению меню), вызывая некоторые неожиданные результаты. Может быть, учитывая ошибки HTML Shiv, это связано с тем, что селекторы отключены. Таким образом, понять, почему IE6 является единственным виновником. Я считаю FireQuery дополнением к Firefox, которое отображает встроенные события JavaScript, которые должны помочь. Если кажется, что больше ничего не имеет смысла, может быть, протестируйте в HTML 4 или другом, чтобы убедиться, что Шив не виноват?
Это регулярное выражение Python (при необходимости вы можете запустить его на онлайн-тестере регулярных выражений) удаляет все элементы html5 и превращается в div этого класса. Это был бы быстрый способ исключить проблемы с HTML
Удачи!