В JDBC вам придется перебирать оба ResultSet
объекта и сравнивать каждое поле в них.
Если вы можете сделать это с помощью SQL, я бы попробовал
select * from tableA
except -- or minus in oracle
select * from tableB
и
select * from tableB
except -- or minus in oracle
select * from tableA
Оба должны возвращать пустой результат
Если для вас есть возможность использовать библиотеку, вы можете попробовать jOOQ (я работаю в компании, специализирующейся на jOOQ). JOOQ включает множество полезных функций вокруг JDBC. С jOOQ вы можете запустить
Result<Record> r1 = create.fetch("select * from tableA");
Result<Record> r2 = create.fetch("select * from tableB");
или также:
r1 = create.fetch(rs1);
r2 = create.fetch(rs2);
А потом
if (r1.equals(r2)) {
// the results are equal
}
else {
// the results are not equal
}