Вы можете использовать объединение, поэтому у вас есть только один in
:
select id
from tbl
where id not in
(
select id from table1
union all select id from table2
union all select id from table3
)
Примечание: not in
плохо работает с обнуляемыми столбцами, но я предполагаю, что id
здесь не обнуляется.