Я только столкнулся с этой проблемой. Проверьте конфигурацию своих сайтов для apache2. Убедитесь:
Разрешить переопределить все
установлен для разрешения переопределения .htaccess под ssl. Вот мой фрагмент моего конфига (в Ubuntu).
<IfModule mod_ssl.c>
<VirtualHost _default_:443>
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /var/www
<Directory />
Options FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>
<Directory /var/www/>
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
</Directory>
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
AllowOverride None
Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>