Во-первых, если это инструмент для настройки IIS, то действительно ли он зависит от версии .Net, используемой для запуска определенного веб-сайта?
Во-вторых, просто чтобы убедиться, что вы знаете, что для каждого создаваемого пула приложений можно запускать разные версии IIS, вы можете написать веб-сайт в .Net 2.0, даже если для других веб-сайтов требуется .Net 1.1.
Наконец, я не думаю, что есть простой способ сделать это без использования COM Interop. Вы можете настроить его с помощью интерфейса ADSI / WMI. Существует довольно много сообщений о том, как перерабатывать или останавливать пулы приложений в C #, вам нужно изменить один из них, чтобы написать правильные свойства WMI для создания пула приложений.