Это можно сделать!Однако вам необходимо специально настроить SSMS для использования вывода в кавычках, потому что по какой-то ненормальной причине это не значение по умолчанию.
В окне запроса, которое вы хотите сохранить , перейдите в раздел Запрос -> Параметры запроса...
Установите флажок "заключать в кавычки строки, содержащие разделители списков при сохранении результатов .csv".

затем
select 'apple,banana,cookie' as col1,1324 as col2,'one two three' as col3,'a,b,"c",d' as col4
выдаст
col1,col2,col3,col4
"apple,banana,cookie",1324,one two three,"a,b,""c"",d"
, чего мы все хотим.