Вы, вероятно, можете запустить оператор ALTER EVENT
из приложения, не так ли?
Если нет - это может быть только вопросом привилегий - пользователь приложения должен иметь привилегию EVENT
.
Afaik, ALTER
- это единственный способ изменить расписание (и я не думаю, что нужен какой-либо другой способ).