Как только пользователь получит root, вы не сможете запретить доступ к какому-либо файлу.Поскольку безопасность android основана (главным образом) на разрешениях в файловой системе.
Что вы можете сделать, это сохранить расшифрованный контент в памяти и удалить файл (или не создавать его в первую очередь)