Теоретически вы должны написать следующее:
@echo off
::compile classes
javac -cp YOUR_CLASSPATH com/yourcompany/YourClass1.java
javac -cp YOUR_CLASSPATH com/yourcompany/YourClass2.java
javac -cp YOUR_CLASSPATH com/yourcompany/YourClass3.java
javac -cp YOUR_CLASSPATH com/yourcompany/YourClassLauncher.java
:: create jar
jar cvfM Manifest.txt myjar.jar *.class
echo.
echo Hit any key to launch project.
pause
java -jar myjar.jar
pause
Если у вас есть один класс, который зависит от всех других классов в вашем проекте, достаточно запустить javac только с этим классом: компилятор скомпилирует все.
# Manifest.txt
Manifest-Version: 1.0
Class-Path: .;MyUtils.jar
Created-By: 1.6.0
Main-Class: com.yourcompany.YourClassLauncher
Это всего лишь пример и хорошее упражнение. В реальной жизни люди используют специальные инструменты сборки, такие как старый добрый муравей, Maven или новее Graidle или Buildr. Я бы порекомендовал вам взять один из них.