IE переключается в режим совместимости в зависимости от настроек безопасности и среды. В вашем случае доступ к вашему веб-приложению через адрес в интрасети приводит к тому, что IE возвращается к этому режиму.
Просто добавьте следующий метатег в заголовок страницы, и IE9 прекратит отображение вашей страницы в режиме совместимости:
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=edge" />