Windows хранит расположение специальных папок для каждого пользователя под следующим ключом реестра:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders
общие специальные папки указываются по тому же путивместо HKEY_LOCAL_MACHINE
вместо:
HKEY_LOCAL MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders
Что касается того, почему они не отображаются в графическом интерфейсе, как другие пользовательские переменные, я могу только предполагать.Но я предполагаю, что это потому, что они не предназначены для изменения пользователем.Пути определяются системой и предназначены для внутреннего использования приложениями.