Да, вы можете иметь несколько файлов war и файл EJB jar, упакованный в EAR.
EJB-компоненты должны иметь локальные интерфейсы, но будут доступны в обоих веб-приложениях.
Вероятно, вам не следует пытаться развернуть веб-приложения, EJB jar в качестве автономных модулей, а затем попытаться развернуть файл EAR, содержащий их все. Это может быть сделано, но ошибки, с которыми вы можете столкнуться, будут немного сбивать с толку.