Что сказал Натрос.Дополнительная информация для пользователей Eclipse Helios:
Перейти к Проект -> Свойства -> Ресурс -> Фильтры ресурсов и добавьте фильтр, который исключает все папки, имена которых совпадают с «.svn».
Не забудьте установить флажок «Все дочерние (рекурсивные)».