Вы можете использовать только файлы chmod, которыми владеет ваш пользователь. Предполагая, что вы используете Apache с PHP как модуль, ваш пользователь - это то, кем работает Apache. Вам нужно будет выполнить chown (из оболочки) от имени пользователя root (или, возможно, от текущего владельца файлов), чтобы переключить их на пользователя вашего веб-сервера.