Я не могу сказать, почему это было обновлено, но что было обновлено: Eclipse Public License v1.0 и Eclipse Distribution License v. 1.0 были добавлены. Это создало licence.txt и readme.txt и новый раздел заголовка в каждом файле.
Я сделал diff для источников. Так что источники одинаковы (кроме комментариев), но результат компиляции может быть разным. Только что проверил javax / persistence.LockModeType.class, единственная разница в LineNumberTable (что ожидается из-за комментариев, добавленных к источнику)