Я не уверен, что вы подразумеваете под "приложениями с разными именами переменных и обозначением источника" - что вы используете регистраторы с разными именами в обоих приложениях и прямой вывод в разные приложения?
Тем не менее, я вижу однопроблема с вашей конфигурацией: когда вы помещаете ваш log4j jar в папку WAS lib, он загружается с загрузчиком классов, общим для обоих ваших приложений (загрузчик классов начальной загрузки или загрузчик классов расширений, в зависимости от того, где находится этот каталог "lib") - и это означаетlog4j загружается только ОДИН РАЗ.Учитывая способ инициализации log4j (со статическим разделом кода), он также инициализируется ONCE, что означает, что читается не более одного log4j.properties.
Попробуйте удалить log4j из каталога lib WAS и разверните его с каждым приложениемпосмотри, куда тебя это приведет.