Вам нужно будет создать проект установки, чтобы ваш скрипт работал в вашей целевой системе.
Первый шаг - изменить Build Action
на Content
и Copy to Output Directory
на Copy always
.
Ваш проект установки может выбрать сценарий из результата сборки приложения VB и использовать его при установке приложения.
Что касается вашего вопроса, касающегося настраиваемого пользователем пути установки: самый простой способ справиться с этим - добавить запись реестра, содержащую путь к выбранному файлу программы, и сделать так, чтобы ваше приложение прочитало путь оттуда.