Вы можете использовать условные операторы комментариев, чтобы по-разному работать в IE.
Взгляните сюда http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms537512(v=vs.85).aspx
Вы хотите проверить, не является ли браузер IE, а затем выполнить код.
Или вы можете использовать некоторое обнаружение браузера jQuery, которое позволит вам выполнять только определенный код JavaScript в зависимости от браузера.
if (!$.browser.msie) {
// jquery function
}
Однако я бы порекомендовал попытаться заставить ваш код JavaScript работать во всех браузерах (возможно, не IE6;))