Настройки базы данных есть, потому что в machine.config есть строки подключения к базе данных. Как работает система конфигурации .NET, они отображаются при перечислении разделов.
AppSettings присутствуют, потому что почти каждое приложение использует appsettings, и поэтому было удобнее включать их. Обратите внимание, что это не раздел entlib, а стандартный .NET.
Нет способа заставить их перестать отображаться в инструменте, как написано, вам нужно изменить код инструмента конфигурации, чтобы изменить это поведение.